feat(ai): catalogue d'outils mutations + confirmations two-step (#79 phase D)

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 # #79 — Assistant IA — Outils (function calling) & serveur MCP
 
-> **Statut :** 🔵 En cours — Phase 0 + A2 + B1/B2/B3/B4/B5/B6/B7 + C + G livrés (2026-09-11)
+> **Statut :** 🔵 En cours — Phase 0 + A2 + B1/B2/B3/B4/B5/B6/B7 + C + D + G livrés (2026-09-11)
 > **Effort :** 10-15 jours | **Impact :** 🟡
 > **Références :** [Roadmap](../ROADMAP.md) · [Guide d'architecture IA](../AI_ARCHITECTURE_GUIDE.md)
 
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   - [x] **C3.** Recherche : `search_fulltext`, `search_advanced`, `search_paths`, `list_tags`, `suggest_tags`, `list_recent` — extensions `backend/services/search.py` (`advanced_search_vaults`, `search_paths`) et `recent.py` ; filtrage systématique par permissions vault
   - Routes `/api/recent`, `/api/vault/{vault}/files`, `/api/file/{vault}/backups`, `/api/file/{vault}/diff`, `/api/graph/{vault}`, `/api/tree-search`, `/api/search/advanced` refactorées en wrappers des services ; tests `tests/test_tools.py` (+17)
 
-## D. Catalogue d'outils — mutations (2 jours)
-  - [ ] **D1.** `create_file`, `create_directory` (migration du protocole texte existant)
-  - [ ] **D2.** `edit_file`, `append_to_file`, `rename_file`, `rename_directory`, `move_path`
-  - [ ] **D3.** `replace_in_files` (⚠️ confirmation two-step + backup auto)
-  - [ ] **D4.** `delete_file`, `delete_directory`, `restore_backup` (⚠️ confirmation two-step + backup auto, toggle par vault)
+## D. Catalogue d'outils — mutations (2 jours) — ✅ livré (2026-09-11)
+  - [x] **D1.** `create_file`, `create_directory` (migration du protocole texte existant)
+  - [x] **D2.** `edit_file`, `append_to_file`, `rename_file`, `rename_directory`, `move_path`
+  - [x] **D3.** `replace_in_files` (⚠️ confirmation two-step + backup auto)
+  - [x] **D4.** `delete_file`, `delete_directory`, `restore_backup` (⚠️ confirmation two-step + backup auto, toggle par vault)
+  - **Détail :** service `backend/services/mutations.py` (source unique : anti path-traversal, garde
+    lecture seule, backup auto via `backend/services/backups.create_backup`) ; les routes REST
+    correspondantes délèguent à cette couche. Risques : `WRITE` (create/edit/append/restore) et
+    `DANGEROUS` (rename/move/replace/delete) → confirmation two-step automatique par le registry.
+    Toggle par vault `aiDestructiveTools` (défaut activé) pour désactiver les outils `DANGEROUS`.
+    Tests : `tests/test_tools_mutations.py` (40 tests).
 
 ## E. Serveur MCP (2-3 jours)
   - [ ] **E1.** `backend/mcp/server.py` (SDK MCP Python) enregistrant les outils depuis le registry