feat(ai): catalogue d'outils mutations + confirmations two-step (#79 phase D)

docs/AI_ARCHITECTURE_GUIDE.md

@@ -81,7 +81,9 @@ ObsiGate possède aujourd'hui **deux sous-systèmes IA** qui partagent la même
 ### 2.5 Limites de l'existant
 
 1. **Pas de tool calling** : parsing regex fragile, pas de résultats structurés, pas de multi-étapes.
+   → **résolu** (phases B/C/D) : tool calling natif, catalogue lecture/recherche + mutations.
 2. **2 actions seulement** (`create_file`, `create_directory`) ; ni lecture active, ni recherche, ni édition, ni suppression exposées au modèle.
+   → **résolu** (phases C/D) : catalogue complet (lecture, recherche, mutations avec confirmation).
 3. **SSE** : ~~non réellement streaming~~ → **corrigé** (B4) : `ai_chat.stream_completion` alimente `/api/ai/bookslm/chat` token par token ; le tool-calling (`/agent`) reste non-streaming (les appels d'outils exigent la réponse complète).
 4. **`PROVIDERS` chargé une seule fois** : les modèles par défaut ne sont modifiables que par variables d'environnement (pas de persistance UI).
 
@@ -93,7 +95,7 @@ ObsiGate possède aujourd'hui **deux sous-systèmes IA** qui partagent la même
 
 Extraire la logique métier des routes de `backend/main.py` vers des fonctions réutilisables (services). Les routes REST, l'agent in-app et le serveur MCP appellent ces mêmes services.
 
-**Nouveau module `backend/services/` (A2 lecture/recherche + C) :**
+**Nouveau module `backend/services/` (A2 lecture/recherche + C + D mutations) :**
 
 ```
 backend/services/
@@ -101,17 +103,21 @@ backend/services/
 ├── paths.py       # resolve_safe_path (anti path-traversal, source unique)
 ├── vaults.py      # list_accessible_vaults, browse_directory, get_vault_root, list_all_files
 ├── files.py       # read_raw_file, read_file_text (redaction + quota)
+├── mutations.py   # create/edit/append/rename/move/delete/restore/replace (D)
 ├── search.py      # search_vaults (pagination), list_tags, advanced_search_vaults, search_paths
-├── backups.py     # get_backup_dir, list_backup_files, diff_backup
+├── backups.py     # get_backup_dir, create_backup, list_backup_files, diff_backup
 ├── graph.py       # get_graph (nodes/edges, wikilinks)
 └── recent.py      # list_recent, humanize_mtime
 ```
 
 Les routes `/api/vaults`, `/api/browse/{vault}`, `/api/file/{vault}/raw`, `/api/search`, `/api/tags`,
 `/api/recent`, `/api/vault/{vault}/files`, `/api/file/{vault}/backups`, `/api/file/{vault}/diff`,
-`/api/graph/{vault}`, `/api/tree-search` et `/api/search/advanced` en sont de simples wrappers, tout
-comme les outils correspondants du catalogue (phase C). Un `ServiceError` est traduit en
-`HTTPException` (handler global de `backend/main.py`) ou en `ToolError` (`backend/tools/registry.py`).
+`/api/graph/{vault}`, `/api/tree-search`, `/api/search/advanced` (phase C) ainsi que
+`/api/file/{vault}` (POST/PATCH/DELETE), `/api/file/{vault}/save`, `/api/file/{vault}/restore`,
+`/api/directory/{vault}` (POST/PATCH/DELETE), `/api/move/{vault}` et `/api/search/replace` (phase D)
+en sont de simples wrappers, tout comme les outils correspondants du catalogue. Un `ServiceError`
+est traduit en `HTTPException` (handler global de `backend/main.py`) ou en `ToolError`
+(`backend/tools/registry.py`).
 
 **Nouveau module `backend/tools/` :**
 

docs/ROADMAP.md

@@ -43,11 +43,11 @@
 ### 79. Assistant IA — Outils (function calling) & serveur MCP
 
 - **Effort :** 10-15 jours | **Impact :** 🟡
-- **Statut :** 🔵 Phase 0 + A2 + B1/B2/B3/B4/B5/B6/B7 + C + G livrés (2026-09-11). Détail complet : [features/ai-tools-mcp.md](./features/ai-tools-mcp.md)
+- **Statut :** 🔵 Phase 0 + A2 + B1/B2/B3/B4/B5/B6/B7 + C + D + G livrés (2026-09-11). Détail complet : [features/ai-tools-mcp.md](./features/ai-tools-mcp.md)
 - **Description :** Transformer l'assistant BooksLM en agent (lire, chercher, lister, ouvrir, modifier) via **function calling natif**, puis exposer ObsiGate à des **clients MCP externes** (Claude Desktop, Cursor…). Les deux fronts consomment une **couche d'outils partagée**.
 - **Reste à faire :**
   - [x] **C.** Catalogue lecture & recherche (vaults, read, backlinks, backups, search, tags)
-  - [ ] **D.** Catalogue mutations (create/edit/append/rename/move/delete) + confirmations two-step
+  - [x] **D.** Catalogue mutations (create/edit/append/rename/move/delete) + confirmations two-step
   - [ ] **E.** Serveur MCP (Streamable HTTP `/mcp`, auth Bearer JWT, `propose`/`apply`, toggle par vault)
   - [ ] **F.** Durcissement (rate limiting, redaction secrets, OpenAPI + guide MCP, E2E)
 - **Documentation :** [AI_ARCHITECTURE_GUIDE.md](./AI_ARCHITECTURE_GUIDE.md) (architecture, catalogue d'outils, sécurité, phases).
@@ -180,7 +180,7 @@
 |---|---|---|
 | ✅ Complété | #1 → #59, #61, #63–68, #71, #72, #74–76, #78 | ~82 jours réalisés |
 | 🔵 P2 restant | #77 Desktop : signature code (optionnel), wizard 1er lancement (optionnel), 6 tests E2E **manuels** | ~1-2 jours |
-| ⚪ P3 restant | #62 Collaboration Yjs (5-7j) · #79 Assistant IA outils + MCP (10-15j, Phase 0 + A2 + B + C + G livrés) · #80 Assistant IA UX (livré, en attente vérif) | ~15-22 jours |
+| ⚪ P3 restant | #62 Collaboration Yjs (5-7j) · #79 Assistant IA outils + MCP (10-15j, Phase 0 + A2 + B + C + D + G livrés) · #80 Assistant IA UX (livré, en attente vérif) | ~15-22 jours |
 | ⚪ P4 restant | #69 Mobile éditeur (2-3j) · #70 Sémantique (4-5j) · #73 Sync (6-8j) | 11-16 jours |
 | **Total restant** | **6 items + finitions** | **~27-39 jours** |
 

docs/features/ai-tools-mcp.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # #79 — Assistant IA — Outils (function calling) & serveur MCP
 
-> **Statut :** 🔵 En cours — Phase 0 + A2 + B1/B2/B3/B4/B5/B6/B7 + C + G livrés (2026-09-11)
+> **Statut :** 🔵 En cours — Phase 0 + A2 + B1/B2/B3/B4/B5/B6/B7 + C + D + G livrés (2026-09-11)
 > **Effort :** 10-15 jours | **Impact :** 🟡
 > **Références :** [Roadmap](../ROADMAP.md) · [Guide d'architecture IA](../AI_ARCHITECTURE_GUIDE.md)
 
@@ -29,11 +29,17 @@
   - [x] **C3.** Recherche : `search_fulltext`, `search_advanced`, `search_paths`, `list_tags`, `suggest_tags`, `list_recent` — extensions `backend/services/search.py` (`advanced_search_vaults`, `search_paths`) et `recent.py` ; filtrage systématique par permissions vault
   - Routes `/api/recent`, `/api/vault/{vault}/files`, `/api/file/{vault}/backups`, `/api/file/{vault}/diff`, `/api/graph/{vault}`, `/api/tree-search`, `/api/search/advanced` refactorées en wrappers des services ; tests `tests/test_tools.py` (+17)
 
-## D. Catalogue d'outils — mutations (2 jours)
-  - [ ] **D1.** `create_file`, `create_directory` (migration du protocole texte existant)
-  - [ ] **D2.** `edit_file`, `append_to_file`, `rename_file`, `rename_directory`, `move_path`
-  - [ ] **D3.** `replace_in_files` (⚠️ confirmation two-step + backup auto)
-  - [ ] **D4.** `delete_file`, `delete_directory`, `restore_backup` (⚠️ confirmation two-step + backup auto, toggle par vault)
+## D. Catalogue d'outils — mutations (2 jours) — ✅ livré (2026-09-11)
+  - [x] **D1.** `create_file`, `create_directory` (migration du protocole texte existant)
+  - [x] **D2.** `edit_file`, `append_to_file`, `rename_file`, `rename_directory`, `move_path`
+  - [x] **D3.** `replace_in_files` (⚠️ confirmation two-step + backup auto)
+  - [x] **D4.** `delete_file`, `delete_directory`, `restore_backup` (⚠️ confirmation two-step + backup auto, toggle par vault)
+  - **Détail :** service `backend/services/mutations.py` (source unique : anti path-traversal, garde
+    lecture seule, backup auto via `backend/services/backups.create_backup`) ; les routes REST
+    correspondantes délèguent à cette couche. Risques : `WRITE` (create/edit/append/restore) et
+    `DANGEROUS` (rename/move/replace/delete) → confirmation two-step automatique par le registry.
+    Toggle par vault `aiDestructiveTools` (défaut activé) pour désactiver les outils `DANGEROUS`.
+    Tests : `tests/test_tools_mutations.py` (40 tests).
 
 ## E. Serveur MCP (2-3 jours)
   - [ ] **E1.** `backend/mcp/server.py` (SDK MCP Python) enregistrant les outils depuis le registry